Seidenbandfabrikant, verheiratet mit Valeria Merian. Johann Jakob Bachofen-Merian erbte die Bachofensche Gemäldesammlung (Begründer Johann Jakob Bachofen, 1701–84), vermehrte sie aber nicht wesentlich oder nur durch Erbschaften aus dem Besitz seines Grossvaters Martin Bachofens und der Merian. Seine eigenen Ankäufe konzentrierten sich auf niederländische Werke (Fischer, 1936, S. 76). Einige seiner Glasgemälde kamen in Besitz seiner Schwiegertochter Luise Bachofen-Burckhardt (1845–1920), die sie dem Historischen Museum Basel vermachte.

Fischer, O. (1936). Geschichte der Öffentlichen Kunstsammlung. in Festschrift zur Eröffnung des Kunstmuseums (S. 7–118). Basel: Birkhäuser.