La thématique des vitraux figuratifs de l’Église Saint-Germain d’Auxerre illustre les valeurs fondamentales de l’église catholique, retranscrites dans la prière du Credo. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons en dalle de verre dans les fenêtres de la nef principale. Le cycle commence au sud-est de l’église et suit les façades sud et nord pour se terminer au nord-est.  Le thème du septième médaillon du cycle est le Saint-Esprit (NVI). Il est représenté sous la forme de la Pentecôte : « Je croie en l’Esprit-Saint ». La Pentecôte célèbre le septième dimanche après Pâques lorsque le Saint-Esprit descend sur les apôtres. Cet événement est symbolisé par des flammes posées sur la tête des douze apôtres. Dans ce vitrail, Fernand Léger ne garde que la substance principale du symbole, la flamme. Douze flammes occupent donc tout l’espace du vitrail, agrémenté de formes rouge, jaune et bleu.

Les vitraux de l’église de Saint-Germain d’Auxerre à Courfaivre (Jura) sont réalisés par l’artiste Fernand Léger en 1954 lors de la rénovation de l’église par l’architecte Jeanne Bueche. Pour l’architecte, la place du décor dans une église est prépondérante et doit être pensée en même temps que l’architecture. Elle consacre alors une grande partie du budget de la rénovation à la réalisation de grandes fenêtres colorées en technique de dalle de verre. Pour leur création, elle fait appel à nul autre que Fernand Léger qui avait auparavant conçu les fenêtres en dalle de verre de l’église du Sacré-Cœur d’Audincourt en France. La réalisation des dalles de verre est confiée à l'atelier verrier Aubert et Pitteloud à Lausanne.
Le programme iconographique de l’ensemble des vitraux figuratifs, composé de dix médaillons encadrés de panneaux rectangulaires dans les fenêtres hautes de la nef et de deux vitraux en arc plein cintre dans le chœur, est décidé entre l’architecte et le curé de l'église et élaboré en étroite collaboration avec l'artiste. Pour le curé il est important que les vitraux reflètent les valeurs profondes de la foi catholique.Celles-ci sont parfaitement illustrées dans le Credo. Cette thématique a été divisée en cinq grands thèmes : Dieu le père, la vie du Christ, le Saint-Esprit, l’Église et la Vie Éternelle. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons. Chacun est encadré de vitraux abstraits qui reprennent les motifs de fond et leurs couleurs. Le cycle commence au sud-est (SIII) et se termine au nord-est (NIII).
Les deux grands vitraux du chœur de l’église forment un cycle à part symbolisant l’Eucharistie à travers deux sujets : la Multiplications des Pains (NII) et les Noces de Cana (SII).
L'expressivité des vitraux de Fernand Léger réside dans la combinaison de symboles anciens avec des compositions abstraites. Le réseau en béton armé fait partie intégrante du dessin et renforce la lisibilité des motifs.
Les fenêtres des bas-côté sont décorées de vitraux en dalle de verre abstraits. Les dalles de verre sont montées avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton et de véritables murs lumineux.